De stichting stelt zich ten doel:
het bevorderen van de medische en sociale zorg in Indonesië, met bijzondere aandacht voor het eiland Batam, en voorts al hetgeen dat met een en ander, rechtstreeks of zijdelings, verband houdt of daartoe bevorderlijk kan zijn, alles in de ruimste zin des woords
(art. 2.1 statuten).
De stichting beoogt niet het maken van winst
(art. 2.2 statuten).

Sociaaleconomisch

Binnen de sociaaleconomische doelstelling richt de stichting zich op het ondersteunen van groepen van minderbedeelden in de Indonesische maatschappij, die zichzelf en hun omgeving/gemeenschap structureel in sociaaleconomische zin willen ontwikkeling. Dankzij sociaaleconomische ontwikkeling krijgen minderbedeelden zelf de middelen in handen hun eigen leven zelfstandig en menswaardig vorm te geven.

Medisch

Onder de medische doelstelling ondersteunt de stichting het bereikbaar, beschikbaar en betaalbaar maken van goede medische zorg voor minderbedeelden in de Indonesische maatschappij.

Speerpunt HIV/AIDS

Naast haar twee algemene doelstellingen richt stichting Nederland-Batam zich ook specifiek op de strijd tegen HIV/AIDS in Indonesië. De stichting heeft in de loop van de jaren de HIV/AIDS epidemie in Indonesië steeds ernstiger vormen zien aannemen. HIV/AIDS begint in Indonesië in de jaren tachtig als een rijkeluisziekte. Intraveneus drugsgebruik onder rijke studenten in de grote steden en het delen van met HIV besmette drugsparafernalia vormen in eerste instantie de verspreidingsbron van het virus in Indonesië. Om hun drugsgebruik te financieren zijn vele drugsgebruikers ook actief als sekswerker. Via onbeschermd contact tussen sekswerkers en hun klanten verspreide het virus zich vervolgens ook onder de normale bevolking van het land. Tegenwoordig zijn zowel het intraveneus drugsgebruik en commerciële seks de belangrijkste drijvers van de epidemie, waarbij de epidemie zich in de grote steden van vooral het eiland Java verspreidt via drugsgebruik en waarbij in andere delen van Indonesië de epidemie zich vooral via commerciële seks verspreid. Zoals voorbeelden in Afrikaanse landen laten zien legt de HIV epidemie een groot beslag op de gezondheidszorg van een land, is de epidemie een grote bedreiging voor de sociaaleconomische ontwikkeling en staat daarmee het opbouwen van een menswaardig en zelfstandig bestaan in de weg. Daarom heeft stichting Nederland-Batam de strijd tegen HIV/AIDS tot haar speerpunt gemaakt.